Telefon M6s používá čip Exynos 7872 od společnosti Samsung. Šestijádrová CPU zajišťuje telefonu skvělý výkon za každých okolností. A M6s je také prvním telefonem celé M-série, který obsahuje jádra Cortex-A73.
14nm FinFET procesor byl přímo navržen pro OS Flyme 6,
díky čemuž telefon funguje rychle, přesně a výkonně.